O 6º Ano do MIM é um ano de Estágio Orientado e Programado, com a duração de 40 semanas, que inclui 7 áreas de estágio e um Trabalho Final.
São constituídos 5 blocos de rotação de estágio com os seguintes tempos de duração:
Medicina: 10 semanas,
Cirurgia: 8 semanas,
Saúde Materno – Infantil: 8 semanas,
Saúde Pública + Clínica Geral: 8 semanas
Saúde Mental + Oncologia : 6 semanas.
O total de alunos é dividido por 5 grupos, designados pelas letras A, B, C, D e E.
Consoante o bloco que se encontrem a frequentar, os grupos são subdivididos em subgrupos de 2 ou 4, designados pela letra de grupo e um algarismo (A1, A2, etc).
Cada área de estágio estabelece os seus objectivos específicos.